Третият филм „Мъже в черно“ е продължение на известната американска комедия. В ролите са същите Томи Лий Джоунс и Уил Смит. Работата на режисьора отново бе поета от Бари Соненфелд, изпълнителен продуцент на Стивън Спилбърг. В кината филмът стартира на 23 май 2012 г.
Този път ролята на отрицателния герой е поета от Джамайн Климент, той играе Борис. Това е престъпник, избягал от Лунния затвор. Той изгаря от омраза към агент Кей, който през юли 1969 г. хвана престъпника и го остави без ръка. Когато Кей внезапно разбере, че Борис бяга, той изразява голямо съжаление, че не го е убил по време на ареста. След това агентът просто изчезва и това само Джейн си спомня, че е съществувал. Останалите служители в черно смятат, че Кей загива в сблъсък с някой престъпник през 1969г.
Единственото обяснение за този катаклизъм на реалността е промяна в миналото. Джей и агент О решават, че именно Борис е замесен. Потвърждение за това е друго събитие от космически мащаб - нахлуването на расата на Борис на Земята. В предишната реалност това беше невъзможно, тъй като Кей инсталира защитно устройство на планетата, наречено "ArcNet". Сега, във връзка със смъртта на агента преди няколко десетилетия, Земята нямаше скрининг от космически врагове.
Джей открива, че Борис е бил изпратен в миналото от Джефри Прайс, търговец на електроника, който имал незаконен превключвател на времето в арсенала си. Агентът няма друг избор, освен да се върне назад във времето, за да спаси партньора си. И веднага е арестуван от младия Кей. По време на разпита Джей му казва всичко, а бъдещият партньор вярва. Заедно намират арканския грифин, който има ArkNet. Сега тримата продължават пътя си и тръгват да установяват защита на Луната. Но на ракета са арестувани от полковника. Сега той става пазител на мистерията на Джей.
От този момент настъпва бързо развитие на събитията. Героите се срещат с двама Борис и възниква бой. Престъпник от бъдещето е хвърлен в ракетна мина, а младият Борис също тръгва след него. Монтирана е земна защита. И сега, изглежда, мисията на Джей е приключила, но се появява чудо оцелял млад престъпник. Полковникът умира, но Борис успява да бъде унищожен. И във филма се появява нов герой. Момче излиза от колата на полковника и започва да търси баща си. Агентът разпознава себе си. Джей се връща навреме и се среща с Кей в кафенето. Всичко се върна.